First obligation of a prisoner is to escape (John Sheridan)

отрезаем конец строки в переменной
FILE=`echo -n $NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS`


конвертируем из нескольких строк в одну с пробелами и окавыченными элементами
quoted=$(echo -e "$NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS" | awk 'BEGIN { FS = "\n" } { printf "\"%s\" ", $1 }' | sed -e s#\"\"##)

и еще раз
var="$NAUTILUS_SCRIPT_SELECTED_FILE_PATHS"
var=$(echo ${var%\%})
echo ${var}